随着1944年盟军在太平洋战场的节节胜利，轴心国对澳大利亚的威胁也急剧减少。1944年和1945年轴心国艦艇在澳大利亚水域总共只击沉3艘盟军船只。尽管日军在1944年得以登陆澳大利亚北岸，但这只是一次小型的侦察活动。随着威胁的减少，盟军用来保护澳大利亚水域商船的力量也因而减弱，但并没有完全解散。
日军登陆（1944年1月）
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尽管日本并没有对澳大利亚发起任何大规模登陆行动，[65]但其还是对澳大利亚发起了一次小型的地面侦察行动。1944年1月17日，一支代号为“松树”的日军情报部队在金伯利的一处人烟稀少的地区登陆，并于20日撤出。[66]这支部队乘坐的是一艘经过改造的民船，而为了躲避盟军的耳目，他们还伪装成了渔民。侦察队的指挥官是一名日本陆军中尉，其余人员包括了3名日本陆军士兵，6名日本海军士兵和15名西帝汶水手。他们的任务是确认美国海军是否正在登陆地区建立一个基地。另外，他们还要收集任何有助于用游击队对澳大利亚发起进攻的情报[67]
侦察队于1月16日离开了海军基地，由一架99式舰载俯冲轰炸机提供空中掩护，这架轰炸机的飞行员回基地之后报告说他向一艘盟军潜艇发起了进攻。1月17日，他们到达了阿什莫尔和卡捷岛地区，第二天他们在澳大利亚大陆西北约160公里的布罗斯群岛登陆。
1月19日早晨，这支部队登上了澳大利亚大陆，当地历史学家说他们登陆的地点在罗河和莫兰河附近。[68]他们用了两个小时对这片地区进行了侦察，其中有些人还使用8毫米摄影机进行了拍摄。当晚，他们在船上过了夜，并在第二天再次侦察了同一片地区，之后启程回航。这支部队没有发现任何人，也没有发现多少军事行动。[69]只有一支小规模的澳大利亚空军工程兵部队在日军登陆地点以外25公里的地方修建机场时听到了日军船只的发动机声。[70]
日军在印度洋的行动（1944年3月）
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日本海军重型巡洋舰筑摩号
1944年2月，日本联合舰队启航并在帕劳和新加坡之间分成了两部分。盟军在新加坡发现了这支舰队，他们认为这支舰队可能会在印度洋和西澳大利亚海域向盟军发起攻击。[71]
1944年3月1日，一支由重型巡洋舰青叶号、利根号和筑摩号组成的日本舰队从巽他海峡出发去袭击来往于亚丁和弗里曼德之间的盟军船队。这支日本舰队只遭遇了一艘盟军船只，即英国汽船“比哈尔号”，并在3月9日将其击沉。在此之后，这支舰队回到了雅加达的海军基地。利根号救上来了“比哈尔号”的102名幸存者，但其中有82人在到达雅加达后死於槍殺。这支舰队的指挥官在战后以各种战争罪行（包括了枪杀这82人）而处以死刑，当时利根号的指挥官也获刑7年。[72]对比哈尔号的袭击是轴心国使用水面战舰对盟军通讯线路的最后一次袭击。[73]
尽管日军在印度洋的行动并不成功，但日军舰队的行动却造成盟军的很大反响，1944年3月初，盟军情报部门发现有两艘日军战舰和多艘驱逐舰正离开新加坡向泗水驶去，而一艘美军潜艇也用雷达发现了两艘大型战舰。澳大利亚参谋长联席委员会向政府报告说这些船可能会在3月8日进入印度洋去攻击弗里曼德港。之后，弗里曼德港进入了一级战备状态，港内的所有船只都已经离开，而几个空军编队也调到西澳大利亚的基地中。[74]
实际上，美军潜艇发现的两艘战舰实际上是轻巡洋舰鬼怒号和大井号，它们正在掩护从印度洋中部撤退回来的日军水面袭击舰队。弗里曼德港于3月13日进入了战备状态，3月20日，调到西澳大利亚的空军编队开始陆续回到原来的基地。[75]
德国潜艇的袭击（1944年9月-1945年1月）
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1944年9月14日，德国海军向澳大利亚水域派遣两艘U型艇的请求得到了批准。进入这片水域的两艘潜艇分别为“U-168”号和“U-862”号。[76]9月底“U-537”号也加入了它们。[77]
与驻澳潜艇相似的IX型U艇。
德国潜艇在日本海军基地中很难保养，因此这两艘潜艇直到10月初才出发。这时盟军已经破译了德军有关这次行动的密码，并且已经开始向这一地区调派潜艇。10月6日，U-168号在泗水附近遭一艘荷兰潜艇击沉，[78]而U-537号也在11月10日由一艘美国潜艇击沉。[79] U-196号接替了U-168号继续执行任务，[80]但它在启航后不久便于巽他海峡失踪。U-196号的失踪原因至今还未知，不过它很可能是因为事故或机械故障而沉没。[81]
仅剩的一艘潜艇，U-862号，于1944年11月18日启航并于26日到达了澳大利亚西部海域的西南端。由于澳大利亚已经得知了它的路线并命令各船只绕开这一地区行驶，U-862发现的猎物极少。12月9日，它向一艘希腊货船发起了进攻，但是由于天气原因，这次袭击失败，但坏天气同时也使盟军没能将这艘潜艇定位。[82]
在这次袭击之后，U-862号继续沿着澳大利亚海岸前进，成为了二战期间德国海军派往太平洋的唯一一艘潜艇。[83]在进入太平洋之后，U-862在1944年12月24日袭击了一艘在美国注册的货船。这艘货船于第二天沉没。之后U-862号躲过了澳大利亚的海空搜索并前往新西兰。[84]
U-862号在新西兰海域没有发现任何有价值的目标，它的船长因此决定于1945年1月回到澳大利亚水域并在悉尼北部执行任务。U-862号在1月中旬得到命令中止任务，并回到了雅加达。[85]在回程的路上，它又于1945年2月6日在弗里曼德港西南方1520公里处击沉了一艘美国货船。这是轴心国在印度洋击沉的最后一艘盟军船只。[86] U-862号于2月中旬到达了雅加达，它是1945年间已知的唯一一艘在澳大利亚水域活动的轴心国舰艇。在德国投降后，U-862号变成了日本的“伊-502”号，但并没有出过任务。[87]
盟军已经了解到了德国潜艇将要发起进攻，也击沉了四艘德国潜艇中的两艘，但由于缺乏装备，人员和经验，他们却一直无法找到U-862号的位置。[88]由于澳大利亚南岸离东南亚战场有数千公里，因此1944年末至1945年初盟军支在这里部署了很少的反潜部队也就不足为奇了。[89]